See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Mon. 15 Apr 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1 BiocVersion (57113) 26 DESeq2 (20669) 51 HDF5Array (12040)
2 GenomeInfoDb (54764) 27 rtracklayer (20623) 52 multtest (11981)
3 BiocGenerics (54078) 28 rhdf5 (19578) 53 BiocSingular (11590)
4 S4Vectors (53591) 29 ggtree (19332) 54 ScaledMatrix (11543)
5 IRanges (49607) 30 GenomicFeatures (19163) 55 ProtGenerics (11373)
6 zlibbioc (47997) 31 treeio (19158) 56 AnnotationHub (10355)
7 Biobase (46258) 32 rhdf5filters (18843) 57 impute (10160)
8 XVector (46191) 33 BiocIO (18561) 58 interactiveDisplayBase (10115)
9 Biostrings (43548) 34 annotate (18408) 59 AnnotationFilter (9962)
10 DelayedArray (42740) 35 graph (18066) 60 BiocNeighbors (9856)
11 BiocParallel (42104) 36 enrichplot (17118) 61 ensembldb (9709)
12 GenomicRanges (40561) 37 SparseArray (17059) 62 Rgraphviz (9701)
13 MatrixGenerics (38558) 38 clusterProfiler (16812) 63 scuttle (9578)
14 SummarizedExperiment (36992) 39 DOSE (16507) 64 RBGL (9350)
15 AnnotationDbi (36705) 40 qvalue (16464) 65 VariantAnnotation (9158)
16 KEGGREST (34764) 41 GOSemSim (16076) 66 GEOquery (8809)
17 limma (31376) 42 fgsea (16038) 67 geneplotter (8555)
18 S4Arrays (30563) 43 DelayedMatrixStats (15694) 68 GSEABase (8379)
19 BiocFileCache (24600) 44 beachmat (15061) 69 affy (8324)
20 biomaRt (23919) 45 sparseMatrixStats (14915) 70 affyio (8200)
21 Rhtslib (23368) 46 SingleCellExperiment (14419) 71 ExperimentHub (7156)
22 GenomicAlignments (23305) 47 preprocessCore (14032) 72 sva (6909)
23 Rsamtools (22400) 48 ComplexHeatmap (13374) 73 scater (6584)
24 Rhdf5lib (22398) 49 genefilter (13028) 74 BiocStyle (6212)
25 edgeR (22283) 50 BSgenome (13022) 75 ShortRead (6117)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (68)

a4Base (123)

a4Classif (97)

a4Core (142)

a4Preproc (162)

a4Reporting (107)

ABAEnrichment (8)

ABarray (60)

abseqR (49)

ABSSeq (97)

acde (64)

ACE (79)

aCGH (177)

ACME (71)

ADaCGH2 (56)

ADAM (106)

ADAMgui (87)

adaptest (3)

adductomicsR (51)

ADImpute (66)

adSplit (56)

adverSCarial (21)

AffiXcan (51)

affxparser (1602)

affy (8324)

affycomp (84)

AffyCompatible (20)

affyContam (83)

affycoretools (379)

AffyExpress (7)

affyILM (51)

affyio (8200)

affylmGUI (64)

affyPara (8)

affypdnn (6)

affyPLM (1285)

affyQCReport (11)

AffyRNADegradation (48)

AffyTiling (3)

AGDEX (55)

aggregateBioVar (61)

Agi4x44PreProcess (3)

agilp (91)

AgiMicroRna (126)

AHMassBank (39)

AIMS (410)

airpart (49)

alabaster (39)

alabaster.base (194)

alabaster.bumpy (73)

alabaster.files (21)

alabaster.mae (78)

alabaster.matrix (165)

alabaster.ranges (152)

alabaster.sce (98)

alabaster.schemas (188)

alabaster.se (158)

alabaster.spatial (72)

alabaster.string (82)

alabaster.vcf (73)

ALDEx2 (1148)

alevinQC (73)

AllelicImbalance (80)

AlphaBeta (49)

AlphaMissenseR (2)

alpine (49)

ALPS (3)

AlpsNMR (57)

alsace (8)

altcdfenvs (92)

AMARETTO (116)

AMOUNTAIN (90)

amplican (68)

ampliQueso (4)

AnalysisPageServer (4)

anamiR (4)

Anaquin (53)

ANCOMBC (1175)

AneuFinder (79)

ANF (42)

animalcules (105)

annaffy (254)

AnnBuilder (1)

annmap (107)

annotate (18408)

AnnotationDbi (36705)

AnnotationFilter (9962)

AnnotationForge (2521)

AnnotationFuncs (9)

AnnotationHub (10355)

AnnotationHubData (339)

annotationTools (116)

annotatr (446)

anota (71)

anota2seq (66)

antiProfiles (59)

AnVIL (606)

AnVILBilling (51)

AnVILPublish (46)

AnVILWorkflow (34)

APAlyzer (59)

apComplex (51)

apeglm (3324)

APL (110)

applera (1)

appreci8R (89)

aroma.light (1909)

ArrayExpress (415)

ArrayExpressHTS (11)

arrayMagic (2)

arrayMvout (44)

arrayQCplot (1)

arrayQuality (83)

arrayQualityMetrics (493)

ArrayTools (9)

ArrayTV (6)

ARRmNormalization (48)

artMS (65)

ASAFE (50)

ASEB (53)

ASGSCA (57)

ASICS (73)

asmn (1)

ASpediaFI (8)

ASpli (90)

AssessORF (48)

ASSET (100)

ASSIGN (87)

ASURAT (57)

ATACCoGAPS (36)

ATACseqQC (323)

ATACseqTFEA (51)

atena (109)

AtlasRDF (3)

atSNP (56)

attract (54)

AUCell (2102)

autonomics (51)

Autotuner (3)

AWFisher (51)

awst (50)

B

BaalChIP (56)

BAC (19)

bacon (93)

BADER (63)

BadRegionFinder (45)

BAGS (47)

ballgown (636)

bambu (257)

bamsignals (1086)

BANDITS (99)

bandle (51)

Banksy (2)

banocc (67)

barcodetrackR (47)

basecallQC (57)

BaseSpaceR (60)

Basic4Cseq (51)

BASiCS (154)

BASiCStan (45)

BasicSTARRseq (52)

basilisk (4577)

basilisk.utils (4176)

batchelor (3740)

BatchQC (97)

BayesKnockdown (45)

BayesPeak (8)

BayesSpace (211)

bayNorm (74)

baySeq (371)

BBCAnalyzer (47)

BCRANK (56)

bcSeq (52)

BDMMAcorrect (34)

beachmat (15061)

beachmat.hdf5 (32)

beadarray (701)

beadarraySNP (50)

BeadDataPackR (668)

BeadExplorer (1)

BEARscc (44)

BEAT (46)

BEclear (60)

beer (51)

benchdamic (71)

BERT (2)

betaHMM (1)

betr (5)

BG2 (37)

bgafun (5)

BgeeCall (48)

BgeeDB (109)

BGmix (31)

bgx (51)

BHC (86)

BicARE (125)

BiFET (49)

BiGGR (56)

bigmelon (51)

bigmemoryExtras (8)

bigPint (45)

bim (1)

BindingSiteFinder (54)

bioassayR (56)

Biobase (46258)

biobroom (172)

biobtreeR (53)

bioCancer (62)

BioCartaImage (19)

BiocBaseUtils (4867)

BiocBook (22)

BiocCaseStudies (7)

BiocCheck (1573)

biocDatasets (1)

BiocDockerManager (33)

BiocFHIR (41)

BiocFileCache (24600)

BiocGenerics (54078)

biocGraph (153)

BiocHail (32)

BiocHubsShiny (71)

BiocInstaller (528)

BiocIO (18561)

BiocNeighbors (9856)

BiocOncoTK (68)

BioCor (76)

BiocParallel (42104)

BiocPkgTools (160)

biocroxytest (1)

BiocSet (240)

BiocSingular (11590)

BiocSklearn (61)

BiocStyle (6212)

biocthis (215)

BiocVersion (57113)

biocViews (4203)

BiocWorkflowTools (173)

biodb (183)

biodbChebi (75)

biodbExpasy (42)

biodbHmdb (54)

biodbKegg (61)

biodbLipidmaps (42)

biodbMirbase (38)

biodbNcbi (45)

biodbNci (40)

biodbUniprot (45)

bioDist (243)

biomaRt (23919)

BioMedR (1)

biomformat (5297)

BioMM (30)

BioMVCClass (45)

biomvRCNS (33)

BioNAR (53)

BioNERO (228)

BioNet (258)

BioNetStat (66)

BioQC (112)

BioSeqClass (8)

biosigner (74)

Biostrings (43548)

biosvd (5)

BioTIP (66)

biotmle (56)

biovizBase (5448)

BiRewire (109)

birta (9)

birte (3)

biscuiteer (53)

BiSeq (132)

BitSeq (15)

blacksheepr (48)

blima (45)

BLMA (58)

BloodGen3Module (116)

bluster (4618)

bnbc (102)

bnem (46)

BOBaFIT (51)

borealis (39)

BPRMeth (81)

BRAIN (95)

brainflowprobes (44)

brainImageR (1)

BrainSABER (7)

BrainStars (5)

branchpointer (64)

breakpointR (58)

brendaDb (43)

BRGenomics (143)

bridge (11)

BridgeDbR (77)

BrowserViz (161)

BrowserVizDemo (1)

BSgenome (13022)

BSgenomeForge (73)

bsseq (1369)

BubbleTree (56)

BufferedMatrix (87)

BufferedMatrixMethods (46)

bugsigdbr (159)

BUMHMM (41)

bumphunter (2594)

BumpyMatrix (498)

BUS (45)

BUScorrect (42)

BUSpaRse (185)

BUSseq (43)

C

CaDrA (20)

CAEN (39)

CAFE (54)

CAGEfightR (141)

cageminer (44)

CAGEr (100)

CALIB (6)

calm (46)

CAMERA (469)

CAMTHC (2)

canceR (68)

cancerclass (67)

CancerInSilico (15)

CancerMutationAnalysis (6)

CancerSubtypes (125)

CAnD (5)

caOmicsV (3)

cardelino (52)

Cardinal (150)

CardinalIO (83)

CARNIVAL (158)

casper (47)

CATALYST (433)

Category (1858)

categoryCompare (52)

CausalR (62)

cbaf (48)

CBEA (98)

cBioPortalData (430)

CBNplot (116)

cbpManager (47)

ccfindR (83)

ccImpute (42)

ccmap (71)

CCPlotR (25)

CCPROMISE (51)

ccrepe (80)

CDI (18)

celaref (61)

celda (589)

CellaRepertorium (54)

CellBarcode (51)

cellbaseR (60)

CellBench (120)

cellGrowth (5)

cellHTS (5)

cellHTS2 (174)

CelliD (239)

cellity (55)

CellMapper (53)

cellmigRation (46)

CellMixS (75)

CellNOptR (156)

cellscape (41)

CellScore (43)

CellTrails (48)

cellTree (11)

cellxgenedp (105)

CEMiTool (123)

censcyt (51)

Cepo (162)

ceRNAnetsim (48)

CeTF (68)

CexoR (46)

CFAssay (51)

cfdnakit (23)

cfDNAPro (47)

cfTools (36)

CGEN (59)

CGHbase (406)

CGHcall (372)

cghMCR (53)

CGHnormaliter (48)

CGHregions (64)

ChAMP (562)

CHARGE (3)

charm (6)

ChemmineOB (326)

ChemmineR (914)

CHETAH (92)

ChIC (22)

Chicago (90)

chihaya (48)

chimera (7)

chimeraviz (95)

ChIPanalyser (45)

ChIPComp (54)

chipenrich (146)

ChIPexoQual (50)

ChIPpeakAnno (921)

ChIPQC (311)

ChIPseeker (1712)

chipseq (561)

ChIPseqR (68)

ChIPSeqSpike (6)

ChIPsim (72)

ChIPXpress (85)

chopsticks (85)

chroGPS (5)

chromDraw (45)

ChromHeatMap (115)

ChromoViz (1)

chromPlot (125)

ChromSCape (58)

chromstaR (79)

chromswitch (28)

chromVAR (1056)

CHRONOS (48)

cicero (210)

CIMICE (44)

CINdex (62)

circRNAprofiler (58)

CircSeqAlignTk (41)

cisPath (51)

CiteFuse (87)

ClassifyR (253)

cleanUpdTSeq (90)

cleaver (175)

clevRvis (42)

clippda (47)

clipper (86)

cliProfiler (44)

cliqueMS (104)

Clomial (49)

Clonality (27)

clonotypeR (8)

clst (80)

clstutils (49)

CluMSID (56)

clustComp (56)

clusterExperiment (343)

ClusterFoldSimilarity (2)

ClusterJudge (51)

clusterProfiler (16812)

clusterSeq (28)

ClusterSignificance (53)

clusterStab (68)

clustifyr (127)

ClustIRR (18)

CMA (101)

cmapR (385)

cn.farms (51)

cn.mops (240)

CNAnorm (50)

CNEr (2951)

CNORdt (48)

CNORfeeder (51)

CNORfuzzy (50)

CNORode (72)

CNPBayes (3)

CNTools (118)

CNVfilteR (47)

CNVgears (33)

cnvGSA (52)

CNViz (44)

CNVMetrics (42)

CNVPanelizer (54)

CNVRanger (113)

CNVrd2 (45)

CNVtools (5)

cobindR (5)

CoCiteStats (41)

COCOA (53)

codelink (60)

CODEX (96)

coexnet (10)

CoGAPS (226)

cogena (77)

cogeqc (60)

Cogito (41)

coGPS (50)

COHCAP (60)

cola (121)

comapr (51)

combi (49)

coMET (83)

coMethDMR (46)

compartmap (33)

COMPASS (61)

compcodeR (71)

compEpiTools (58)

CompGO (5)

ComplexHeatmap (13374)

CompoundDb (332)

ComPrAn (43)

compSPOT (15)

conclus (7)

concordexR (59)

condcomp (1)

condiments (73)

CONFESS (46)

consensus (50)

ConsensusClusterPlus (2893)

consensusDE (53)

consensusOV (89)

consensusSeekeR (93)

consICA (102)

CONSTANd (50)

contiBAIT (44)

conumee (142)

convert (134)

copa (45)

COPDSexualDimorphism (1)

copynumber (160)

CopyNumber450k (2)

CopyNumberPlots (135)

CopywriteR (22)

coRdon (162)

CoRegFlux (1)

CoRegNet (50)

CoreGx (319)

Cormotif (44)

CorMut (5)

coRNAi (5)

corral (69)

CORREP (53)

coseq (101)

CoSIA (42)

cosmiq (45)

cosmo (2)

cosmoGUI (2)

cosmosR (64)

COSNet (54)

COTAN (67)

CountClust (6)

countsimQC (137)

covEB (42)

CoverageView (58)

covRNA (45)

cpvSNP (47)

cqn (262)

CRImage (61)

CRISPRball (2)

crisprBase (136)

crisprBowtie (129)

crisprBwa (55)

crisprDesign (109)

crisprScore (140)

CRISPRseek (134)

crisprseekplus (27)

crisprShiny (0)

CrispRVariants (131)

crisprVerse (56)

crisprViz (97)

crlmm (213)

CrossICC (1)

crossmeta (123)

CSAR (68)

csaw (534)

csdR (42)

CSSP (35)

CSSQ (41)

ctc (265)

CTdata (40)

CTDquerier (44)

CTexploreR (1)

ctgGEM (3)

cTRAP (50)

ctsGE (46)

CTSV (44)

cummeRbund (223)

CuratedAtlasQueryR (27)

customCMPdb (45)

customProDB (65)

CVE (3)

cyanoFilter (40)

cycle (42)

cydar (73)

CytoDx (55)

cytofast (4)

cytofkit (22)

CyTOFpower (45)

cytofQC (39)

CytoGLMM (85)

cytoKernel (39)

cytolib (2662)

cytomapper (282)

cytoMEM (82)

CytoML (465)

CytoPipeline (76)

CytoPipelineGUI (16)

CytoTree (16)

cytoviewer (77)

D

dada2 (2150)

dagLogo (61)

daMA (53)

DAMEfinder (48)

DaMiRseq (96)

DAPAR (115)

dar (1)

DART (59)

DASC (0)

DASiR (3)

dasper (24)

DAVIDQuery (3)

DBChIP (8)

dcanr (113)

DCATS (26)

dce (57)

dcGSA (45)

DChIPRep (4)

ddCt (83)

ddgraph (4)

ddPCRclust (55)

dearseq (166)

debCAM (57)

debrowser (167)

DECIPHER (2663)

deco (8)

DEComplexDisease (9)

decompTumor2Sig (110)

DeconRNASeq (205)

decontam (1583)

decontX (61)

deconvR (54)

decoupleR (958)

DEDS (6)

DeepBlueR (47)

DeepPINCS (74)

deepSNV (138)

DEFormats (251)

DegNorm (51)

DEGraph (53)

DEGreport (548)

DEGseq (153)

DelayedArray (42740)

DelayedDataFrame (52)

DelayedMatrixStats (15694)

DelayedRandomArray (79)

DelayedTensor (40)

DELocal (39)

deltaCaptureC (45)

deltaGseg (47)

DeMAND (52)

DeMixT (87)

demuxmix (201)

demuxSNP (25)

densvis (3240)

DEP (464)

DepecheR (161)

DepInfeR (41)

DeProViR (1)

DEqMS (208)

derfinder (552)

derfinderHelper (551)

derfinderPlot (132)

DEScan2 (52)

DESeq (240)

DESeq2 (20669)

DEsingle (247)

DESpace (43)

destiny (684)

DEsubs (51)

DEWSeq (53)

DExMA (56)

DEXSeq (1446)

dexus (8)

DFP (43)

DIAlignR (49)

DiffBind (1008)

diffcoexp (155)

diffcyt (302)

DifferentialRegulation (44)

diffGeneAnalysis (47)

diffHic (95)

DiffLogo (64)

diffloop (28)

diffuStats (58)

diffUTR (39)

diggit (45)

Dino (47)

dir.expiry (4069)

Director (45)

DirichletMultinomial (4198)

discordant (73)

DiscoRhythm (55)

distinct (203)

dittoSeq (1248)

divergence (37)

dks (46)

DMCFB (35)

DMCHMM (44)

DMRcaller (71)

DMRcate (818)

DMRforPairs (28)

DMRScan (40)

dmrseq (181)

DNABarcodeCompatibility (40)

DNABarcodes (171)

DNAcopy (5192)

DNAfusion (41)

DNaseR (2)

DNAshapeR (68)

domainsignatures (4)

DominoEffect (45)

doppelgangR (109)

DOQTL (5)

Doscheda (47)

DOSE (16507)

doseR (40)

doubletrouble (48)

dpeak (27)

drawProteins (179)

dreamlet (28)

DRIMSeq (312)

DriverNet (53)

DropletUtils (2611)

drugTargetInteractions (53)

DrugVsDisease (85)

dSimer (3)

DSS (974)

dStruct (39)

DTA (82)

dualKS (7)

Dune (42)

DupChecker (2)

dupRadar (97)

dyebias (45)

DynDoc (1225)

E

easier (129)

EasyCellType (45)

easylift (19)

EasyqpcR (7)

easyreporting (51)

easyRNASeq (154)

EBarrays (201)

EBcoexpress (64)

EBImage (2615)

EBSEA (45)

EBSeq (414)

EBSeqHMM (53)

ecolitk (46)

EDASeq (1718)

edd (2)

EDDA (5)

edge (89)

edgeR (22283)

EDIRquery (33)

eds (317)

eegc (74)

EGAD (55)

EGSEA (130)

eiR (51)

eisa (7)

eisaR (96)

ELBOW (5)

ELMER (164)

EMDomics (59)

EmpiricalBrownsMethod (124)

ENCODExplorer (4)

EnhancedVolcano (4087)

enhancerHomologSearch (46)

EnMCB (43)

ENmix (185)

EnrichedHeatmap (550)

EnrichmentBrowser (545)

enrichplot (17118)

enrichTF (70)

enrichViewNet (22)

ensembldb (9709)

ensemblVEP (146)

ENVISIONQuery (4)

epialleleR (49)

EpiCompare (46)

epidecodeR (40)

EpiDISH (523)

epigenomix (45)

epigraHMM (46)

epihet (8)

EpiMix (40)

epimutacions (49)

epiNEM (117)

epistack (45)

epistasisGA (36)

EpiTxDb (71)

epivizr (81)

epivizrChart (42)

epivizrData (96)

epivizrServer (123)

epivizrStandalone (50)

erccdashboard (56)

erma (82)

ERSSA (45)

esATAC (82)

escape (307)

escheR (96)

esetVis (67)

eudysbiome (40)

evaluomeR (47)

EventPointer (51)

EWCE (132)

ExCluster (40)

ExiMiR (47)

exomeCopy (274)

exomePeak (11)

exomePeak2 (99)

exonmap (2)

ExperimentHub (7156)

ExperimentHubData (276)

ExperimentSubset (44)

explorase (7)

ExploreModelMatrix (141)

ExpressionAtlas (157)

ExpressionView (6)

exprExternal (0)

externalVector (1)

extraChIPs (50)

F

fabia (166)

facopy (2)

factDesign (44)

factR (45)

faers (1)

FamAgg (61)

famat (46)

farms (47)

fastLiquidAssociation (45)

FastqCleaner (76)

fastreeR (66)

fastseg (728)

fbat (2)

FCBF (53)

fCCAC (43)

fCI (50)

fcoex (83)

fcScan (44)

fdrame (50)

FEAST (100)

FeatSeekR (39)

fedup (43)

FELLA (121)

FEM (19)

fenr (19)

ffpe (56)

fgga (40)

FGNet (106)

fgsea (16038)

FilterFFPE (39)

FindIT2 (50)

FindMyFriends (6)

FISHalyseR (42)

fishpond (284)

FitHiC (62)

flagme (44)

FLAMES (63)

flipflop (5)

flowAI (542)

flowBeads (47)

flowBin (49)

flowcatchR (47)

flowCHIC (48)

flowCL (11)

flowClean (208)

flowClust (817)

flowCore (2655)

flowCut (88)

flowCyBar (49)

flowDensity (229)

flowFit (7)

flowFlowJo (4)

flowFP (125)

flowGate (55)

flowGraph (52)

flowMap (43)

flowMatch (53)

flowMeans (138)

flowMerge (112)

flowPeaks (161)

flowPhyto (2)

flowPloidy (55)

flowPlots (43)

flowQ (4)

flowQB (6)

FlowRepositoryR (5)

FlowSOM (1032)

flowSpecs (58)

flowSpy (2)

flowStats (515)

flowTime (53)

flowTrans (65)

flowType (8)

flowUtils (35)

flowViz (995)

flowVS (90)

flowWorkspace (1227)

fmcsR (245)

fmrs (119)

fobitools (43)

focalCall (3)

FoldGO (30)

FourCSeq (6)

FRASER (100)

frenchFISH (42)

FRGEpistasis (52)

frma (136)

frmaTools (59)

FScanR (29)

FunChIP (58)

FunciSNP (6)

funtooNorm (46)

FuseSOM (47)

G

GA4GHclient (90)

GA4GHshiny (48)

gaga (88)

gage (812)

gaggle (41)

gaia (22)

GAPGOM (5)

GAprediction (51)

garfield (53)

GARS (43)

GateFinder (45)

gatom (21)

gaucho (4)

GBScleanR (38)

gcapc (49)

gcatest (44)

gCMAP (7)

gCMAPWeb (6)

gCrisprTools (49)

gcrma (1371)

GCSConnection (3)

GCSFilesystem (3)

GCSscore (27)

GDCRNATools (283)

gDNAx (28)

gDR (19)

gDRcore (58)

gDRimport (58)

gDRstyle (49)

gDRutils (74)

GDSArray (114)

gdsfmt (2086)

geecc (4)

GEM (54)

gemini (53)

gemma.R (51)

genArise (51)

genbankr (136)

GENE.E (5)

gene2pathway (2)

GeneAccord (8)

GeneAnswers (17)

geneAttribution (44)

GeneBreak (54)

geneClassifiers (42)

GeneExpressionSignature (53)

genefilter (13028)

genefu (394)

GeneGA (40)

GeneGeneInteR (46)

GeneGroupAnalysis (2)

GeneMeta (85)

GeneNetworkBuilder (58)

GeneOverlap (375)

geneplast (82)

geneplotter (8555)

GeneR (3)

geneRecommender (43)

GeneRegionScan (48)

GeneRfold (1)

geneRxCluster (44)

GeneSelectMMD (89)

GeneSelector (6)

GENESIS (324)

GeneSpring (2)

GeneStructureTools (68)

geNetClassifier (125)

GeneticsBase (2)

GeneticsDesign (5)

GeneticsPed (95)

GeneTonic (233)

GeneTraffic (2)

GeneTS (1)

geneXtendeR (100)

GENIE3 (1145)

genoCN (49)

GenoGAM (5)

genomation (602)

GenomAutomorphism (36)

GenomeBase (0)

GenomeGraphs (11)

GenomeInfoDb (54764)

genomeIntervals (156)

genomes (60)

GenomicAlignments (23305)

GenomicDataCommons (1208)

GenomicDistributions (82)

GenomicFeatures (19163)

GenomicFiles (1220)

genomicInstability (43)

GenomicInteractionNodes (41)

GenomicInteractions (325)

GenomicOZone (48)

GenomicPlot (24)

GenomicRanges (40561)

GenomicScores (598)

GenomicSuperSignature (49)

GenomicTuples (39)

Genominator (7)

genoset (13)

genotypeeval (13)

GenoView (1)

genphen (5)

GenProSeq (35)

GenRank (3)

GenVisR (307)

GeoDiff (73)

GEOexplorer (54)

GEOfastq (63)

GEOmetadb (218)

GeomxTools (374)

GEOquery (8809)

GEOsearch (2)

GEOsubmission (43)

GeoTcgaData (57)

gep2pep (50)

gespeR (68)

getDEE2 (44)

geva (46)

GEWIST (44)

gff3Plotter (1)

gg4way (19)

GGBase (9)

ggbio (2111)

ggcyto (882)

ggkegg (100)

ggmanh (99)

ggmsa (486)

GGPA (39)

ggsc (27)

ggspavis (121)

GGtools (10)

ggtree (19332)

ggtreeDendro (52)

ggtreeExtra (975)

GIGSEA (49)

girafe (78)

GISPA (45)

GLAD (220)

GladiaTOX (39)

Glimma (1224)

glmGamPoi (3528)

glmSparseNet (135)

GlobalAncova (971)

globalSeq (50)

globaltest (1732)

GloScope (17)

gmapR (145)

GmicR (55)

gmoviz (45)

GMRP (42)

GNET2 (46)

GNOSIS (19)

goCluster (0)

GOexpress (80)

GOfuncR (281)

GOFunction (6)

GoogleGenomics (3)

GOpro (111)

goProfiles (107)

GOSemSim (16076)

goseq (1203)

GOSim (120)

goSorensen (40)

goSTAG (51)

GOstats (1695)

GOsummaries (57)

GOTHiC (73)

goTools (54)

GPA (51)

gpart (12)

gpls (163)

gprege (6)

gpuMagic (44)

gQTLBase (7)

gQTLstats (6)

gramm4R (2)

GRaNIE (107)

granulator (124)

graper (48)

graph (18066)

GraphAlignment (52)

GraphAT (45)

graphite (2855)

GraphPAC (76)

GRENITS (52)

GreyListChIP (935)

GRmetrics (75)

groHMM (60)

GRridge (15)

GSALightning (53)

GSAR (87)

GSCA (48)

gscreend (41)

GSEABase (8379)

GSEABenchmarkeR (73)

GSEAlm (65)

GSEAmining (65)

gsean (49)

GSgalgoR (49)

GSReg (50)

GSRI (46)

GSVA (5477)

gtrellis (117)

GUIDEseq (63)

Guitar (131)

Gviz (3852)

GWAS.BAYES (48)

gwascat (574)

GWASTools (574)

gwasurvivr (71)

GWENA (170)

gypsum (38)

H

h5vc (66)

hapFabia (44)

Harman (167)

HarmonizR (24)

Harshlight (52)

hca (58)

HCABrowser (2)

HCAExplorer (2)

HCAMatrixBrowser (1)

HCsnip (4)

HDF5Array (12040)

HDTD (49)

heatmaps (237)

Heatplus (377)

HelloRanges (115)

HELP (48)

HEM (42)

hermes (91)

HERON (17)

Herper (161)

hexbin (20)

HGC (60)

hiAnnotator (96)

HIBAG (126)

HiCBricks (129)

HiCcompare (269)

HiCDCPlus (67)

HiCDOC (93)

HiCExperiment (120)

HiContacts (93)

HiCool (51)

hicrep (8)

hicVennDiagram (20)

hierGWAS (55)

hierinf (44)

HilbertCurve (75)

HilbertVis (166)

HilbertVisGUI (29)

HiLDA (61)

hipathia (119)

HIPPO (43)

hiReadsProcessor (49)

HIREewas (48)

HiTC (130)

hmdbQuery (66)

HMMcopy (277)

hoodscanR (21)

hopach (278)

HPAanalyze (121)

hpar (266)

HPAStainR (23)

HPiP (50)

HTqPCR (159)

HTSanalyzeR (7)

HTSeqGenie (45)

htSeqTools (7)

HTSFilter (211)

HubPub (105)

HumanTranscriptomeCompendium (47)

hummingbird (40)

HybridMTest (114)

hypeR (71)

hyperdraw (97)

hypergraph (134)

I

iASeq (47)

iasva (43)

iBBiG (119)

ibh (54)

iBMQ (37)

iCARE (99)

Icens (422)

icetea (42)

iCheck (42)

iChip (40)

iClusterPlus (325)

iCNV (45)

iCOBRA (160)

ideal (105)

IdeoViz (61)

idiogram (47)

IdMappingAnalysis (5)

IdMappingRetrieval (5)

idpr (59)

idr2d (46)

IFAA (45)

iFlow (2)

iGC (49)

IgGeneUsage (42)

igvR (99)

igvShiny (2)

IHW (681)

illuminaio (2833)

ILoReg (39)

imageHTS (15)

IMAS (46)

imcRtools (166)

Imetagene (3)

IMMAN (43)

ImmuneSpaceR (54)

immunoClust (52)

immunotation (48)

IMPCdata (46)

ImpulseDE (3)

ImpulseDE2 (9)

impute (10160)

INDEED (47)

iNETgrate (26)

infercnv (1070)

infinityFlow (57)

Informeasure (39)

InPAS (47)

INPower (51)

inSilicoDb (8)

inSilicoMerging (8)

INSPEcT (61)

INTACT (39)

InTAD (44)

intansv (60)

interacCircos (61)

InteractionSet (1756)

InteractiveComplexHeatmap (359)

interactiveDisplay (86)

interactiveDisplayBase (10115)

InterCellar (71)

IntEREst (53)

InterMineR (55)

IntOMICS (36)

IntramiRExploreR (41)

inveRsion (7)

IONiseR (59)

iontree (4)

iPAC (101)

iPath (39)

ipdDb (96)

IPO (114)

IPPD (6)

IRanges (49607)

IRISFGM (81)

IrisSpatialFeatures (1)

ISAnalytics (47)

iSEE (425)

iSEEde (28)

iSEEhex (127)

iSEEhub (95)

iSEEindex (25)

iSEEpathways (21)

iSEEu (96)

iSeq (48)

ISLET (43)

iSNetwork (1)

isobar (70)

IsoBayes (16)

IsoCorrectoR (95)

IsoCorrectoRGUI (49)

IsoformSwitchAnalyzeR (243)

IsoGeneGUI (7)

ISoLDE (45)

isomiRs (115)

iSPlot (1)

ITALICS (48)

iterativeBMA (46)

iterativeBMAsurv (48)

iterClust (45)

iteremoval (5)

IVAS (70)

ivygapSE (40)

IWTomics (43)

J

jmosaics (3)

joda (5)

JunctionSeq (8)

K

karyoploteR (857)

katdetectr (45)

KBoost (47)

KCsmart (48)

kebabs (136)

KEGGgraph (5452)

KEGGlincs (57)

keggorth (1)

keggorthology (129)

KEGGprofile (14)

KEGGREST (34764)

KEGGSOAP (4)

kimod (3)

KinSwingR (47)

kissDE (44)

KnowSeq (48)

L

LACE (103)

lapmix (39)

LBE (250)

ldblock (67)

LEA (511)

LedPred (46)

lefser (568)

lemur (31)

les (88)

levi (48)

lfa (288)

limma (31376)

limmaGUI (57)

LINC (3)

LineagePulse (42)

lineagespot (38)

LinkHD (45)

Linnorm (197)

LinTInd (44)

lionessR (47)

lipidr (178)

LiquidAssociation (69)

lisaClust (120)

lmdme (42)

LMGene (6)

LOBSTAHS (48)

loci2path (40)

logicFS (79)

logitT (30)

Logolas (5)

lol (4)

LOLA (264)

LoomExperiment (584)

LowMACA (15)

LPE (82)

LPEadj (39)

lpNet (55)

lpsymphony (1175)

LRBaseDbi (105)

LRcell (49)

lumi (1123)

lute (2)

LVSmiRNA (6)

LymphoSeq (53)

M

M3C (727)

M3D (4)

M3Drop (547)

m6Aboost (37)

maanova (14)

Maaslin2 (936)

Macarron (42)

macat (50)

maCorrPlot (48)

MACPET (5)

MACSQuantifyR (44)

MACSr (102)

maDB (3)

made4 (228)

MADSEQ (42)

maftools (2590)

MAGAR (129)

MAGeCKFlute (347)

magpie (38)

magrene (39)

MAI (48)

maigesPack (37)

MAIT (50)

makecdfenv (150)

makePlatformDesign (1)

MANOR (45)

manta (7)

MantelCorr (45)

mAPKL (10)

maPredictDSC (44)

mapscape (51)

mariner (49)

marr (39)

marray (1813)

martini (47)

maser (113)

maSigPro (242)

maskBAD (46)

MassArray (49)

massiR (47)

MassSpecWavelet (1810)

MAST (2005)

mastR (96)

matchBox (48)

matchprobes (2)

MatrixGenerics (38558)

MatrixQCvis (113)

MatrixRider (48)

matter (190)

MaxContrastProjection (4)

MBAmethyl (42)

MBASED (51)

MBCB (41)

MBECS (53)

mbkmeans (441)

mbOmic (20)

mBPCR (46)

MBQN (41)

mbQTL (39)

MBttest (49)

mcaGUI (6)

MCbiclust (42)

MCRestimate (5)

mCSEA (95)

mdgsa (6)

mdp (55)

mdqc (95)

MDTS (45)

MEAL (70)

MeasurementError.cor (46)

MEAT (37)

MEB (41)

MEDIPS (95)

MEDME (44)

megadepth (120)

MEIGOR (42)

Melissa (42)

memes (175)

MergeMaid (8)

Mergeomics (60)

MeSHDbi (227)

meshes (134)

meshr (118)

MeSHSim (1)

MesKit (61)

messina (51)

metaArray (6)

Metab (29)

metabCombiner (43)

metabinR (43)

MetaboAnnotation (301)

MetaboCoreUtils (1046)

metabolomicsWorkbenchR (69)

metabomxtr (46)

MetaboSignal (103)

metaCCA (203)

MetaCyto (58)

metagene (35)

metagene2 (60)

metagenomeFeatures (4)

metagenomeSeq (1571)

metahdep (54)

metaMS (90)

MetaNeighbor (85)

MetaPhOR (43)

metapod (4479)

metapone (57)

metaSeq (57)

metaseqR (8)

metaseqR2 (36)

metavizr (10)

MetaVolcanoR (58)

metaX (2)

MetCirc (55)

MethCP (8)

methimpute (48)

methInheritSim (53)

methodical (1)

MethPed (44)

MethReg (65)

methrix (70)

MethTargetedNGS (43)

methVisual (6)

methyAnalysis (11)

MethylAid (74)

methylCC (61)

methylclock (136)

methylGSA (97)

methylInheritance (55)

methylKit (617)

MethylMix (89)

methylMnM (62)

methylPipe (103)

methylscaper (43)

MethylSeekR (128)

methylSig (58)

methylumi (1414)

methyvim (5)

MetID (48)

MetNet (46)

mfa (75)

Mfuzz (1101)

MGFM (50)

MGFR (52)

mgsa (103)

mia (1396)

miaSim (92)

miaViz (216)

MiChip (42)

microbiome (1597)

microbiomeDASim (47)

microbiomeExplorer (67)

microbiomeMarker (358)

MicrobiomeProfiler (93)

MicrobiotaProcess (465)

microRNA (146)

microSTASIS (40)

MICSQTL (23)

midasHLA (53)

MIGSA (11)

miloR (249)

mimager (49)

MIMOSA (29)

mina (42)

MineICA (59)

minet (711)

minfi (2235)

MinimumDistance (47)

MiPP (42)

miQC (98)

MIRA (106)

MiRaGE (47)

miRBaseConverter (126)

miRcomp (45)

mirIntegrator (51)

MIRit (0)

miRLAB (49)

miRmine (29)

miRNAmeConverter (49)

miRNApath (61)

miRNAtap (134)

miRSM (30)

miRsponge (2)

miRspongeR (44)

Mirsynergy (4)

mirTarRnaSeq (61)

missMethyl (975)

missRows (45)

mistyR (94)

mitch (65)

mitoClone2 (45)

mitoODE (3)

mixOmics (2947)

MLInterfaces (357)

mlm4omics (1)

MLP (109)

MLSeq (136)

MMAPPR2 (21)

MMDiff (4)

MMDiff2 (43)

mmgmos (1)

mmnet (3)

MmPalateMiRNA (5)

MMUPHin (93)

mnem (125)

moanin (117)

mobileRNA (1)

MobilityTransformR (35)

MODA (46)

ModCon (43)

Modstrings (179)

MOFA (5)

MOFA2 (425)

MOGAMUN (44)

mogsa (152)

MoleculeExperiment (50)

MOMA (53)

monaLisa (104)

monocle (2921)

Moonlight2R (23)

MoonlightR (54)

MoPS (4)

mosaics (119)

mosbi (43)

MOSim (43)

Motif2Site (41)

motifbreakR (174)

motifcounter (50)

MotifDb (632)

motifmatchr (1233)

motifRG (7)

motifStack (673)

MotIV (24)

MouseFM (93)

MPFE (44)

mpra (48)

MPRAnalyze (59)

MQmetrics (50)

mQTL.NMR (3)

msa (1482)

MSA2dist (118)

MsBackendMassbank (63)

MsBackendMgf (454)

MsBackendMsp (184)

MsBackendRawFileReader (49)

MsBackendSql (49)

MsCoreUtils (3383)

MsDataHub (45)

MSEADbi (2)

MsExperiment (703)

MsFeatures (1584)

msgbsR (56)

MSGFgui (5)

MSGFplus (10)

msImpute (76)

mslp (36)

msmsEDA (256)

msmsTests (240)

MSnbase (3106)

MSnID (230)

MSPrep (98)

msPurity (70)

msqrob2 (104)

MsQuality (51)

MSstats (478)

MSstatsBig (16)

MSstatsConvert (456)

MSstatsLiP (57)

MSstatsLOBD (48)

MSstatsPTM (174)

MSstatsQC (60)

MSstatsQCgui (35)

MSstatsSampleSize (24)

MSstatsShiny (86)

MSstatsTMT (253)

MSstatsTMTPTM (2)

MTseeker (2)

MuData (49)

Mulcom (64)

MultiAssayExperiment (4720)

MultiBaC (59)

multiClust (57)

multicrispr (46)

MultiDataSet (1144)

multiGSEA (104)

multiHiCcompare (167)

MultiMed (54)

multiMiR (221)

MultimodalExperiment (36)

multiOmicsViz (40)

MultiRNAflow (18)

multiscan (42)

multiSight (77)

multiWGCNA (33)

multtest (11981)

mumosa (61)

MungeSumstats (897)

muscat (380)

muscle (298)

musicatk (66)

MutationalPatterns (318)

MVCClass (86)

mvGST (2)

MWASTools (130)

mygene (350)

myvariant (70)

mzID (2956)

mzR (3247)

N

NADfinder (42)

NanoMethViz (68)

NanoStringDiff (86)

NanoStringNCTools (362)

NanoStringQCPro (48)

nanotatoR (101)

NanoTube (76)

NarrowPeaks (6)

NBAMSeq (77)

NBSplice (9)

ncdfFlow (1094)

ncGTW (35)

NCIgraph (97)

ncRNAtools (41)

ndexr (64)

neaGUI (3)

nearBynding (41)

Nebulosa (944)

NeighborNet (25)

nem (10)

nempi (45)

NetActivity (43)

netbenchmark (4)

netbiov (34)

netboost (36)

netboxr (10)

netDx (46)

nethet (43)

netOmics (42)

NetPathMiner (59)

netprioR (48)

netReg (3)

netresponse (54)

NetSAM (48)

netSmooth (61)

networkBMA (7)

netZooR (52)

NeuCA (30)

NewWave (99)

NGScopy (3)

ngsReports (71)

nipalsMCIA (19)

nnNorm (46)

nnSVG (80)

NOISeq (559)

nondetects (58)

NoRCE (45)

normalize450K (40)

NormalyzerDE (132)

NormqPCR (168)

normr (127)

NPARC (49)

npGSEA (54)

NTW (49)

nucleoSim (48)

nucleR (66)

nuCpos (49)

nudge (3)

nullranges (145)

NuPoP (64)

NxtIRFcore (23)

O

occugene (44)

OCplus (71)

octad (42)

ODER (19)

odseq (61)

OGRE (48)

OGSA (3)

oligo (1606)

oligoClasses (1669)

OLIN (74)

OLINgui (42)

omada (33)

OmaDB (188)

omicade4 (126)

OmicCircos (176)

omicplotR (52)

omicRexposome (46)

OmicsLonDA (24)

OmicsMarkeR (4)

OMICsPCA (50)

omicsPrint (45)

omicsViewer (47)

Omixer (51)

OmnipathR (502)

ompBAM (93)

Onassis (5)

oncomix (42)

oncoscanR (37)

OncoScore (46)

OncoSimulR (52)

oneChannelGUI (6)

oneSENSE (16)

onlineFDR (47)

ontoCAT (5)

ontoProc (208)

ontoTools (1)

openCyto (656)

openPrimeR (116)

openPrimeRui (53)

OpenStats (46)

OperaMate (2)

oposSOM (62)

oppar (48)

oppti (38)

optimalFlow (47)

OPWeight (44)

OrderedList (72)

ORFhunteR (44)

ORFik (189)

Organism.dplyr (410)

OrganismDbi (3183)

orthogene (311)

orthos (19)

OSAT (59)

Oscope (80)

OTUbase (48)

OutlierD (7)

OUTRIDER (189)

OutSplice (34)

OVESEG (41)

P

PAA (57)

packFinder (44)

padma (44)

PADOG (218)

pageRank (46)

PAIRADISE (79)

paircompviz (46)

pairedGSEA (32)

pairkat (37)

pairseqsim (1)

pamr (5)

pandaR (118)

panelcn.mops (72)

PAnnBuilder (5)

PanomiR (52)

panp (42)

PANR (44)

PanViz (41)

PanVizGenerator (6)

PAPi (9)

pareg (36)

parglms (42)

parody (90)

partCNV (20)

PAST (42)

Path2PPI (59)

pathifier (125)

pathlinkR (2)

PathNet (61)

PathoStat (58)

pathprint (4)

pathRender (46)

pathVar (32)

pathview (4267)

pathwayPCA (75)

PathwaySplice (3)

PatientGeneSets (1)

paxtoolsr (88)

Pbase (4)

pbcmc (2)

pcaExplorer (454)

pcaGoPromoter (7)

pcaMethods (4975)

PCAN (48)

PCAtools (1136)

pcot2 (7)

PCpheno (6)

pcxn (45)

PDATK (72)

pdInfoBuilder (101)

pdmclass (5)

PeacoQC (191)

peakPantheR (51)

PECA (49)

peco (41)

Pedixplorer (1)

pengls (36)

PepsNMR (115)

pepStat (43)

pepXMLTab (60)

PERFect (39)

periodicDNA (44)

perturbatr (4)

pfamAnalyzeR (203)

PFP (21)

PGA (5)

pgca (47)

PGSEA (40)

pgUtils (2)

pgxRpi (2)

phantasus (142)

phantasusLite (19)

PharmacoGx (241)

phemd (37)

phenoDist (4)

PhenoGeneRanker (44)

phenomis (48)

phenopath (83)

phenoTest (114)

PhenStat (46)

philr (181)

PhIPData (88)

phosphonormalizer (47)

PhosR (98)

PhyloProfile (61)

phyloseq (5261)

Pi (71)

piano (423)

pickgene (48)

PICS (99)

Pigengene (103)

PING (53)

pint (4)

pipeComp (44)

pipeFrame (156)

PIPETS (1)

pkgDepTools (16)

planet (173)

planttfhunter (35)

plasmut (15)

plateCore (6)

plethy (15)

plgem (100)

plier (105)

PloGO2 (63)

plotgardener (323)

plotGrouper (49)

PLPE (44)

plrs (6)

PLSDAbatch (2)

plw (5)

plyinteractions (24)

plyranges (1186)

pmm (44)

pmp (112)

PoDCall (49)

podkat (47)

pogos (54)

polyester (115)

Polyfit (4)

POMA (70)

POST (4)

PoTRA (5)

PowerExplorer (4)

powerTCR (387)

POWSC (50)

ppcseq (43)

PPInfer (109)

ppiStats (6)

pqsfinder (68)

prada (13)

pram (39)

prebs (53)

preciseTAD (44)

PrecisionTrialDrawer (4)

PREDA (74)

predictionet (7)

preprocessCore (14032)

primirTSS (49)

PrInCE (48)

Prize (3)

proActiv (57)

proBAMr (46)

proBatch (39)

PROcess (77)

procoil (48)

ProCoNA (4)

proDA (211)

proFIA (10)

profileplyr (209)

profileScoreDist (40)

progeny (383)

projectR (94)

pRoloc (239)

pRolocGUI (74)

PROMISE (89)

PROPER (73)

PROPS (41)

Prostar (65)

prot2D (5)

proteasy (30)

proteinProfiles (46)

ProteoDisco (42)

ProteomicsAnnotationHubData (5)

ProteoMM (70)

proteoQC (4)

protGear (45)

ProtGenerics (11373)

PSEA (43)

psichomics (64)

PSICQUIC (12)

PSMatch (165)

psygenet2r (56)

ptairMS (39)

PubScore (3)

pulsedSilac (4)

puma (88)

PureCN (148)

pvac (41)

pvca (238)

Pviz (68)

PWMEnrich (147)

pwOmics (96)

pwrEWAS (35)

Q

qckitfastq (54)

qcmetrics (72)

QDNAseq (358)

QFeatures (1183)

qmtools (44)

qpcrNorm (48)

qpgraph (161)

qPLEXanalyzer (62)

qrqc (25)

qsea (57)

qsmooth (120)

QSutils (45)

qsvaR (104)

QTLExperiment (17)

Qtlizer (42)

QUALIFIER (5)

quantiseqr (440)

quantro (318)

quantsmooth (611)

QuartPAC (47)

QuasR (335)

QuaternaryProd (72)

QUBIC (136)

qusage (377)

qvalue (16464)

R

R3CPET (47)

r3Cseq (78)

R453Plus1Toolbox (49)

R4RNA (606)

RadioGx (52)

raer (18)

RaggedExperiment (909)

RAIDS (14)

rain (82)

rama (18)

RamiGO (5)

ramr (39)

ramwas (122)

RandomWalkRestartMH (113)

randPack (44)

randRotation (44)

RankProd (281)

RAREsim (43)

RareVariantVis (48)

Rariant (5)

Rarr (109)

rawrr (202)

RbcBook1 (66)

Rbec (45)

RBGL (9350)

RBioFormats (89)

RBioinf (51)

rBiopaxParser (159)

RBM (49)

Rbowtie (475)

Rbowtie2 (304)

rbsurv (50)

Rbwa (103)

Rcade (13)

RCAS (105)

RCASPAR (46)

rcellminer (57)

rCGH (91)

Rchemcpp (5)

RchyOptimyx (6)

RcisTarget (859)

RCM (48)

Rcollectl (26)

Rcpi (106)

RCSL (34)

Rcwl (86)

RcwlPipelines (77)

RCX (91)

RCy3 (864)

RCyjs (64)

RCytoscape (7)

RDAVIDWebService (25)

Rdbi (2)

RdbiPgSQL (1)

rDGIdb (79)

Rdisop (465)

RDRToolbox (118)

ReactomeContentService4R (98)

ReactomeGraph4R (37)

ReactomeGSA (224)

ReactomePA (2266)

readat (5)

ReadqPCR (196)

reb (6)

REBET (39)

rebook (196)

receptLoss (35)

reconsi (41)

recount (411)

recount3 (298)

recountmethylation (49)

recoup (45)

RedeR (313)

RedisParam (37)

REDseq (69)

RefNet (5)

RefPlus (36)

RegEnrich (94)

regionalpcs (20)

RegionalST (24)

regioneR (1998)

regioneReloaded (39)

regionReport (107)

regsplice (38)

regutools (51)

REMP (53)

Repitools (312)

ReportingTools (711)

reposTools (0)

RepViz (97)

ReQON (41)

ResidualMatrix (3357)

RESOLVE (47)

Resourcerer (3)

restfulSE (111)

retrofit (36)

ReUseData (30)

rexposome (94)

rfaRm (35)

Rfastp (132)

rflowcyt (2)

rfPred (48)

rGADEM (268)

RGalaxy (8)

rGenomeTracks (41)

Rgin (4)

RGMQL (34)

RgnTX (36)

rgoslin (66)

RGraph2js (44)

Rgraphviz (9701)

rGREAT (631)

RGSEA (58)

rgsepd (45)

rhdf5 (19578)

rhdf5client (123)

rhdf5filters (18843)

Rhdf5lib (22398)

Rhisat2 (207)

Rhtslib (23368)

rHVDM (5)

RiboCrypt (40)

RiboDiPA (45)

RiboProfiling (70)

ribor (42)

riboSeqR (33)

ribosomeProfilingQC (64)

rifi (34)

rifiComparative (30)

RImmPort (47)

Ringo (356)

Rintact (1)

RIPAT (28)

RIPSeeker (17)

Risa (51)

RITAN (52)

RIVER (41)

RJMCMCNucleosomes (43)

RLassoCox (52)

RLMM (49)

RLSeq (36)

RMAGEML (2)

Rmagpie (42)

RMAPPER (3)

RMassBank (87)

rMAT (6)

rmelting (65)

RmiR (7)

Rmmquant (42)

rmspc (49)

RNAAgeCalc (65)

RNAdecay (38)

rnaEditr (41)

RNAinteract (64)

RNAither (6)

RNAmodR (96)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (47)

RNAmodR.ML (39)

RNAmodR.RiboMethSeq (43)

RNAprobR (4)

RNAsense (37)

rnaseqcomp (60)

RNAseqCovarImpute (15)

rnaSeqMap (7)

RNASeqPower (131)

RNASeqR (9)

RnaSeqSampleSize (86)

RnBeads (261)

Rnits (39)

roar (48)

roastgsa (16)

ROC (1035)

ROCpAI (37)

RolDE (43)

Roleswitch (5)

Rolexa (4)

rols (402)

ROntoTools (186)

ropls (1139)

ROSeq (39)

ROTS (196)

RPA (78)

rprimer (63)

RProtoBufLib (2517)

RpsiXML (10)

rpx (241)

Rqc (268)

rqt (50)

rqubic (70)

rRDP (57)

Rredland (1)

RRHO (99)

rrvgo (431)

Rsamtools (22400)

rsbml (137)

rScudo (45)

rsemmed (45)

RSeqAn (85)

rSFFreader (4)

RSNPper (1)

Rsubread (2248)

RSVSim (52)

rSWeeP (46)

rTANDEM (8)

RTCA (47)

RTCGA (564)

RTCGAToolbox (583)

RTN (149)

RTNduals (76)

RTNsurvival (58)

RTools4TB (1)

RTopper (43)

Rtpca (40)

rtracklayer (20623)

Rtreemix (45)

rTRM (126)

rTRMui (49)

runibic (71)

Ruuid (3)

RUVcorr (50)

RUVnormalize (60)

RUVSeq (907)

Rvisdiff (17)

RVS (41)

RWebServices (2)

rWikiPathways (383)

S

S4Arrays (30563)

S4Vectors (53591)

safe (586)

SAGElyzer (1)

sagenhaft (40)

SAGx (10)

SAIGEgds (56)

samExploreR (4)

sampleClassifier (47)

SamSPECTRAL (132)

sangeranalyseR (172)

sangerseqR (862)

SANTA (58)

sapFinder (5)

saps (2)

SARC (18)

sarks (37)

saseR (2)

satuRn (239)

savR (34)

SBGNview (154)

sbgr (1)

SBMLR (61)

SC3 (402)

Scale4C (41)

ScaledMatrix (11543)

scAlign (16)

SCAN.UPC (122)

scanMiR (65)

scanMiRApp (49)

scAnnotatR (121)

SCANVIS (56)

SCArray (68)

SCArray.sat (37)

SCATE (82)

scater (6584)

scatterHatch (43)

scBFA (47)

SCBN (78)

scBubbletree (42)

scCB2 (45)

scClassifR (2)

scClassify (77)

sccomp (84)

scDataviz (70)

scDblFinder (1286)

scDD (133)

scDDboost (38)

scde (331)

scDesign3 (26)

scds (473)

SCFA (40)

scFeatureFilter (50)

scFeatures (53)

scfind (3)

scGPS (50)

schex (216)

scHOT (62)

scider (19)

scifer (44)

ScISI (11)

scMAGeCK (15)

scmap (263)

scMerge (467)

scMET (44)

scmeth (58)

scMitoMut (0)

SCnorm (86)

scone (94)

Sconify (44)

SCOPE (51)

scoreInvHap (43)

scp (119)

scPCA (80)

scPipe (125)

scran (4559)

scReClassify (40)

scRecover (53)

screenCounter (32)

ScreenR (35)

scRepertoire (359)

scRNAseqApp (50)

scruff (59)

scry (215)

scShapes (40)

scsR (4)

scTensor (112)

scTGIF (129)

scTHI (39)

scTreeViz (41)

scuttle (9578)

scviR (39)

SDAMS (46)

sechm (144)

segmenter (44)

segmentSeq (42)

selectKSigs (38)

SELEX (46)

SemDist (43)

semisup (46)

SemSim (1)

SEPA (3)

SEPIRA (25)

seq.hotSPOT (32)

seq2pathway (106)

seqArchR (73)

seqArchRplus (37)

SeqArray (844)

seqbias (70)

seqCAT (42)

seqCNA (50)

seqcombo (52)

SeqGate (36)

SeqGSEA (122)

seqLogo (3277)

seqPattern (618)

seqplots (7)

seqsetvis (55)

SeqSQC (81)

seqTools (115)

SeqVarTools (426)

sesame (641)

SEtools (121)

sevenbridges (56)

sevenC (43)

SGCP (96)

SGSeq (294)

SharedObject (131)

shiny.gosling (2)

shinyepico (54)

shinyMethyl (90)

shinyTANDEM (6)

ShortRead (6117)

SIAMCAT (105)

SICtools (39)

sigaR (6)

SigCheck (45)

sigFeature (191)

SigFuge (44)

siggenes (3129)

sights (46)

signatureSearch (198)

signeR (63)

signet (3)

signifinder (51)

sigPathway (34)

SigsPack (41)

sigsquared (41)

SIM (45)

SIMAT (44)

SimBindProfiles (45)

SimBu (52)

SIMD (40)

SimFFPE (42)

similaRpeak (59)

SIMLR (247)

simona (31)

simpleaffy (97)

simpleSeg (61)

simplifyEnrichment (672)

simulatorAPMS (2)

simulatorZ (5)

sincell (56)

single (42)

SingleCellExperiment (14419)

SingleCellSignalR (242)

singleCellTK (223)

SingleMoleculeFootprinting (40)

SingleR (3738)

singscore (1230)

SiPSiC (38)

SISPA (30)

sitadela (41)

sitePath (47)

sizepower (57)

SJava (2)

sketchR (0)

skewr (34)

slalom (99)

SLGI (7)

slingshot (1376)

slinky (3)

SLqPCR (57)

SMAD (49)

SMAP (46)

SMITE (52)

SNAGEE (51)

snapCGH (90)

snapcount (52)

snifter (127)

snm (164)

SNPchip (13)

SNPediaR (43)

SNPhood (47)

snpMatrix (8)

SNPRelate (1572)

snpStats (2202)

soGGi (302)

sojourner (9)

SomatiCA (3)

SomaticSignatures (162)

SOMNiBUS (50)

SpacePAC (74)

spade (6)

Spaniel (67)

sparrow (119)

SparseArray (17059)

sparseDOSSA (42)

sparseMatrixStats (14915)

sparsenetgls (47)

SparseSignatures (50)

spaSim (48)

SpatialCPie (68)

spatialDE (94)

SpatialDecon (169)

SpatialExperiment (1394)

SpatialFeatureExperiment (138)

spatialHeatmap (140)

SpatialOmicsOverlay (51)

spatzie (39)

speckle (124)

specL (56)

SpeCond (60)

Spectra (1299)

SpectralTAD (79)

SPEM (60)

SPIA (621)

SPIAT (93)

spicyR (166)

SpidermiR (83)

spikeLI (42)

spiky (40)

spillR (2)

spkTools (39)

splatter (426)

splicegear (5)

spliceR (7)

spliceSites (5)

SpliceWiz (73)

SplicingFactory (37)

SplicingGraphs (78)

splineTCDiffExpr (0)

splineTimeR (63)

SPLINTER (46)

splots (187)

SPONGE (61)

spoon (0)

SpotClean (81)

SPOTlight (204)

spotSegmentation (4)

spqn (46)

SPsimSeq (127)

SQLDataFrame (39)

SQUADD (45)

sRACIPE (56)

SRAdb (367)

sRAP (6)

SRGnet (3)

srnadiff (35)

sscore (27)

sscu (42)

sSeq (158)

ssize (84)

sSNAPPY (102)

SSPA (58)

ssPATHS (36)

ssrch (79)

ssviz (50)

stageR (180)

stam (1)

STAN (13)

standR (97)

staRank (46)

StarBioTrek (50)

Starr (6)

STATegRa (49)

Statial (55)

statTarget (89)

STdeconvolve (113)

stepNorm (41)

stepwiseCM (3)

stJoincount (49)

strandCheckR (44)

Streamer (46)

STRINGdb (1063)

STROMA4 (29)

struct (141)

Structstrings (136)

structToolbox (96)

StructuralVariantAnnotation (194)

SubCellBarCode (44)

subSeq (61)

SUITOR (36)

SummarizedBenchmark (48)

SummarizedExperiment (36992)

Summix (42)

supersigs (43)

supraHex (435)

surfaltr (43)

SurfR (0)

survcomp (1024)

survtype (46)

Sushi (63)

sva (6909)

svaNUMT (48)

SVAPLSseq (3)

svaRetro (48)

SVM2CRM (3)

SVMDO (94)

SWATH2stats (54)

SwathXtend (62)

swfdr (54)

SwimR (3)

switchBox (116)

switchde (49)

synapsis (37)

synapter (76)

synergyfinder (180)

SynExtend (46)

synlet (41)

SynMut (40)

syntenet (109)

systemPipeR (1157)

systemPipeShiny (58)

systemPipeTools (48)

T

tadar (21)

TADCompare (75)

tanggle (57)

TAPseq (50)

target (41)

TargetDecoy (38)

TargetScore (58)

TargetSearch (65)

TarSeqQC (11)

TBSignatureProfiler (54)

TCC (173)

TCGAbiolinks (3304)

TCGAbiolinksGUI (26)

TCGAutils (838)

TCseq (137)

TDARACNE (10)

TDbasedUFE (65)

TDbasedUFEadv (48)

TEKRABber (100)

TENxIO (44)

tenXplore (47)

TEQC (55)

ternarynet (43)

terraTCGAdata (41)

TFARM (39)

TFBSTools (2923)

TFEA.ChIP (59)

TFHAZ (39)

TFutils (71)

tidybulk (187)

tidyCoverage (1)

tidyomics (0)

tidySingleCellExperiment (179)

tidySpatialExperiment (1)

tidySummarizedExperiment (316)

tigre (49)

TileDBArray (42)

tilingArray (117)

timecourse (59)

timeOmics (63)

timescape (76)

TimeSeriesExperiment (7)

TimiRGeN (57)

TIN (43)

TissueEnrich (156)

TitanCNA (67)

tkWidgets (1219)

tLOH (39)

TMixClust (55)

TNBC.CMS (50)

TnT (41)

TOAST (353)

tofsims (4)

tomoda (37)

tomoseqr (38)

TOP (34)

ToPASeq (5)

topconfects (169)

topdownr (61)

topGO (2980)

ToxicoGx (53)

TPP (83)

TPP2D (45)

tpSVG (0)

tracktables (111)

trackViewer (434)

tradeSeq (473)

TrajectoryGeometry (42)

TrajectoryUtils (1744)

transcriptogramer (55)

transcriptR (56)

transformGamPoi (60)

transite (47)

tRanslatome (106)

transmogR (0)

transomics2cytoscape (41)

TransView (44)

TraRe (7)

traseR (42)

Travel (4)

traviz (49)

TreeAndLeaf (119)

treeio (19158)

treekoR (44)

TreeSummarizedExperiment (1413)

TREG (43)

trena (38)

TReNA (0)

Trendy (53)

TRESS (88)

tricycle (196)

triform (7)

trigger (46)

trio (81)

triplex (45)

tripr (50)

tRNA (124)

tRNAdbImport (98)

tRNAscanImport (66)

TRONCO (63)

TSAR (14)

TSCAN (571)

tscR (23)

tspair (8)

TSRchitect (6)

TSSi (5)

ttgsea (82)

TTMap (38)

TurboNorm (45)

TVTB (49)

tweeDEseq (121)

twilight (100)

twoddpcr (45)

txcutr (38)

tximeta (1132)

tximport (3316)

TxRegInfra (4)

TypeInfo (46)

U

UCell (1135)

Ularcirc (50)

UMI4Cats (50)

uncoverappLib (45)

UNDO (64)

unifiedWMWqPCR (47)

UniProt.ws (397)

Uniquorn (44)

universalmotif (451)

updateObject (39)

uSORT (39)

V

VAExprs (39)

VanillaICE (160)

VarCon (41)

variancePartition (859)

VariantAnnotation (9158)

VariantExperiment (47)

VariantFiltering (66)

VariantTools (150)

vasp (2)

VaSP (46)

vbmp (67)

VCFArray (48)

VDJdive (42)

Vega (3)

VegaMC (44)

velociraptor (108)

veloviz (50)

VennDetail (207)

VERSO (48)

vidger (95)

viper (688)

virtualArray (4)

ViSEAGO (115)

VisiumIO (1)

vissE (93)

Voyager (92)

VplotR (54)

vsclust (45)

vsn (5074)

vtpnet (56)

vulcan (51)

W

waddR (49)

wateRmelon (728)

wavClusteR (52)

waveTiling (7)

weaver (55)

webbioc (50)

weitrix (44)

widgetInvoke (1)

widgetTools (1228)

wiggleplotr (158)

wpm (48)

wppi (42)

Wrench (1560)

X

XBSeq (5)

XCIR (3)

xcms (1716)

xcore (44)

XDE (47)

Xeva (47)

XINA (40)

xmapbridge (49)

xmapcore (2)

XNAString (43)

xps (8)

XVector (46191)

Y

y2hStat (0)

yamss (52)

YAPSA (67)

yaqcaffy (7)

yarn (126)

Z

zellkonverter (999)

zenith (124)

zFPKM (103)

zinbwave (846)

zlibbioc (47997)

ZygosityPredictor (34)